Limbik Sistem, memeli hayvanlarda ve özelliklede insanlarda, dışarıdan gelen veya düşüncelerimizle oluşan her türlü uyarı sinyallerine karşı, bedenin vereceği cevabı düzenleyen, beynin duygu merkezini açıp kapamaya yarayan bir tür devre anahtarıdır. Limbik Sistem beynin ön kısmın ortasında bulunan birbirine bağlı beyin yapılarından oluşan bir gruptur. Bunlar kendi aralarında ve diğer beyin bölgeleriyle ortaklaşa çalışırlar. Limbik Sistem beynin en eski bölümüdür ve ona gelen sinyaller, bedenimizdeki tüm yaşamsal fonksiyonları etkiler.

Gördüğümüz, duyduğumuz, düşündüğümüz her olay Limbik Sistemimiz tarafından bir işleme tabi tutulur. Bu işlemin sonuçlandırılmasında, bu güne kadar edindiğimiz deneyimlerimiz, inançlarımız, yargılarımız, eğitim durumumuz, örf ve adetlerimiz, kısacası bilinçaltına kaydettiğimiz her şeyin payı vardır. İşlemi çok seri bir sekilde yapan Limbik Sistemimiz tüm bu verilere dayanarak gerekli kararı verir, bu karara göre de bizde gülme, ağlama, heyecan ya da korkma gibi duygusal eylemler oluşur. Bununla birlikte bedenimizin tüm organları da Otonom Sinir Sistemi üzerinden o duygunun uzantısı olan tepkiyi gösterir.

Örneğin; bizler uzun süre dış etkenlere bağlı olarak kafamızda ürettiğimiz olumsuz sinyallerle ya da ağır bir depresyonla (doğal afet, ağır bir trafik kazası, sevdiğimiz birini kaybetmek vb.) karşı karşıya kaldığımızda Limbik Sistemimiz devreye girer. Ancak Limbik Sistemimiz böyle ağır durumlarda, stres ile oluşturulan sinyallerin bedene vereceği zararı ortadan kaldıramayacağı gibi, tam tersine bedeni devamlı gergin halde tutarak ve aşırı hormonlar (adrenalin gibi) salgılanması için komutlar vererek, Otonom Sinir Sisteminin dengesiz çalışmasına neden olur. Bunun sonucunda da vücudumuzdaki diğer  organların fonksiyonlarında bozulmalar (psikomomatik rahatsızlıklar) baş gösterir.

Bizler hala atalarımıza ve bir çok memeli hayvanlara benzer davranışlar sergilemekteyiz. Her hangi bir tehlike karşısında, bedenimiz alarm reaksiyonu göstererek ya kavgaya, ya da kaçısa hazırlanır. Bedenimizin tüm rezervleri acilen mobilize olur ve limbik sistem bedene stres hormonların salgılaması için gerekli komutları vermeye başlar.

Otojenik Eğitimi uygularken, beyin dalgaları Alpha konumuna geleceğinden, Limbik Sistemimiz nötr/tarafsız olacak beynin gerekli kısımlarına, birden bire alarm sinyalleri yollanmayacaktır ve böylece beden gerilmeyecek ve stres hormonları salgılanmayacaktır. Bedene aşırı dozda stres hormonu pompalanmayacağından, huzurlu bir ruh hali oluşacak, bununla birliktede psikosomatik rahatsızlıkların önü kesilecektir. Hal bu olunca algılamalarımız, yaratıcılığımız, konsantrasyonumuz artacak, bir çok heyecanlarımız, korkularımız, unutkanlıklarımız azalacak, görmekte olduğumuz yada uyguladığımız tüm tedaviler destek bulacaktır.